1985年甘肅省編制委員會(huì)批準(zhǔn)成立甘肅省林業(yè)廳自然保護(hù)野生動(dòng)物管理局，為縣級(jí)事業(yè)單位（甘編〔1985〕019號(hào)），人員編制10人，無內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)。1991年省林業(yè)廳核定內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)為辦公室、野生動(dòng)物管理科、自然保護(hù)區(qū)管理科3個(gè)科級(jí)建制。2004年，隨著我省野生動(dòng)植物保護(hù)和自然保護(hù)區(qū)建設(shè)事業(yè)的快速發(fā)展，為增加對(duì)全省保護(hù)區(qū)和野生動(dòng)植物各項(xiàng)事業(yè)經(jīng)費(fèi)、對(duì)外合作項(xiàng)目的管理使用和監(jiān)督，加強(qiáng)濕地和大熊貓的保護(hù)管理，經(jīng)省林業(yè)廳核準(zhǔn)（甘林人字〔2004〕261號(hào)），增設(shè)了計(jì)劃財(cái)務(wù)科、濕地保護(hù)科、大熊貓保護(hù)科和野生植物管理科。至此，我局內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)為辦公室、計(jì)劃財(cái)務(wù)科、野生動(dòng)物管理科、自然保護(hù)區(qū)管理科、濕地保護(hù)科、大熊貓保護(hù)科和野生植物管理科7個(gè)科室建制。
2005年，為適應(yīng)國際國內(nèi)和省內(nèi)林業(yè)生態(tài)保護(hù)工作的需要，經(jīng)省機(jī)構(gòu)編制委員會(huì)辦公室（甘機(jī)編辦通字〔2005〕84號(hào)）批準(zhǔn)，我局更名為甘肅省野生動(dòng)植物管理局，核定人員編制31人。
2007年10月，經(jīng)省實(shí)施公務(wù)員法領(lǐng)導(dǎo)小組批準(zhǔn)，并經(jīng)國家人事部備案同意，我局列入?yún)⒄展珓?wù)法管理范圍。核定領(lǐng)導(dǎo)職數(shù)5名（正縣級(jí)2名、副縣級(jí)3名），非領(lǐng)導(dǎo)縣級(jí)職數(shù)6名（正縣級(jí)2名、副縣級(jí)4名），科級(jí)職數(shù)14名（正科級(jí)7名、副科級(jí)7名），非領(lǐng)導(dǎo)科級(jí)職數(shù)6名（主任科員3名、副主任科員3名）。
2007年，由于業(yè)務(wù)工作需要，經(jīng)省林業(yè)廳（甘林人字〔2007〕289號(hào)）批準(zhǔn)，在我局加掛“甘肅省濕地保護(hù)管理中心”牌子。具體工作由局濕地保護(hù)科承辦。
甘肅省野生動(dòng)物保護(hù)協(xié)會(huì)和野生動(dòng)物疫源疫病監(jiān)測(cè)辦公室也設(shè)在局內(nèi)，具體工作由局野生動(dòng)物管理科承辦。
2011年，省林業(yè)廳根據(jù)林業(yè)生態(tài)建設(shè)保護(hù)管理的需要，成立了保護(hù)處，與我局合署辦公。
我局目前有職工31名，其中：干部24名工勤人員7名；局領(lǐng)導(dǎo)5名，調(diào)研員2名，副調(diào)研員4名，科級(jí)干部4名，副科級(jí)干部7名，主任科員1名、副主任科員1名；中共黨員20名，設(shè)有3個(gè)黨支部（退休黨員支部）；有男職工24名、女職工7名；大專學(xué)歷5名、本科學(xué)歷15名、研究生2名。離退休人員10名。
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